Ebenfalls in das Aufgabengebiet der OeNB fallen Bankprüfungen im Anlassfall, wenn Verdachtsmomente vorliegen, oder wenn sie aus Gründen der Finanzmarktstabilität erforderlich sind. Solche Bankprüfungen sind in erster Linie für Großbanken, die insofern systemrelevant sind, als etwaige Schwierigkeiten einer dieser Banken die Stabilität des österreichischen Finanzmarktes beeinträchtigen könnten, von Bedeutung. Prüfungen im Anlassfall können durch die Aufsichtsreform unmittelbar bzw. mit nur kurzfristiger Vorankündigung durch die OeNB begonnen werden. Die Rahmenbedingungen für Vorortprüfungen sind im Bankwesengesetz geregelt.
Seit dem 1. 1. 2008 ist die OeNB ermächtigt, ohne Prüfauftrag der Finanzmarktaufsicht Prüfungen durchzuführen, wenn gesamtwirtschaftliche Gründe (siehe Verdachtsmomente) dies erfordern. Die Finanzmarktaufsicht ist von dieser Prüfung unverzüglich zu verständigen. Alle Ergebnisse der Prüfung und auch die Stellungnahmen des betroffenen Kreditinstituts sind der Finanzmarktaufsicht (FMA) zu übermitteln.